El control microbiológico de los animales de experimentación es de gran importancia, ya que permite disminuir el riesgo de infecciones zoonóticas e incrementar la calidad de las investigaciones en los cuales son utilizados. Este trabajo expone dos documentos normativos que se emplean en el control de la calidad microbiológica de los animales de experimentación producidos en el Centro Nacional para la Producción de Animales de Laboratorio (CENPALAB). Para el establecimiento y evaluación de estos documentos se realizó el estudio de regulaciones existentes, vía de obtención, condiciones de cría y el uso del animal y se analizaron los resultados del control microbiológico de los animales durante más de 10 años. El primer documento consta de dos partes: “Recomendaciones para el monitoreo microbiológico para los animales de laboratorio obtenidos y criados en condiciones controladas (I Parte) y criados en condiciones convencionales (II Parte)”, donde se establece el programa de monitoreo microbiológico para los animales de experimentación. El segundo es: “Categorías microbiológicas para los animales de experimentación en Cuba”, y describe las categorías para los animales de experimentación. Estas normativas, quedaron aprobados a principios de la década del 2000 y han sido revisadas sistemáticamente, estando vigente la tercera edición (2014). Este trabajo permite contar con documentos precisos y útiles en el control de la calidad de los animales de experimentación y constituyen herramientas para el Sistema de Gestión de la Calidad en el CENPALAB. Además, permite  armonizar los criterios microbiológicos en el sistema nacional de animales de experimentación en Cuba.